Từ năm 1960, chính quyền Việt Nam Dân chủ Cộng hòa đã quyết định nâng cấp nhà máy nước Yên Phụ và thay thế công nghệ truyền dẫn nước sạch.[11] Tòa tháp đã không được sử dụng và bị bỏ hoang trong một thời gian dài sau đó. Tuy nhiên, ống ngầm bên dưới tháp vẫn nằm trong hệ thống tuyến ống truyền dẫn nước của thành phố.[1] Tháp nước Hàng Đậu có thời gian từng bị đe dọa tháo dỡ để xây dựng các công trình phúc lợi khác vì vị trí đắc địa của nó; thậm chí, trong nhiều năm, xung quanh chân tòa tháp là hàng chục ki ốt buôn bán và phải đến năm 2003 mới được trả về cảnh quan ban đầu.[1][3]

Bảo tồn và cải tạo

Dù đến trước năm 2010, kiến trúc của tháp nước Hàng Đậu vẫn được giữ nguyên,[lower-alpha 2] tháp nước tương tự tại Đồn Thuỷ đã bị thay đổi phần thiết kế bên trong và chỉ giữ lại phần mặt ngoài của tháp. Các thay đổi trong đó bao gồm việc bồn nước bằng thép ở đỉnh tháp cùng hệ thống ống nước lên và xuống đã được tháo dỡ; phần mái tôn cũng bị thay mới. Hiện tòa tháp đã được chuyển đổi thành khu làm việc cho nhân viên Xí nghiệp kinh doanh nước sạch Hoàn Kiếm.[1]

Công ty Nước sạch Hà Nội, cũng là đơn vị trực tiếp quản lý tháp nước,[1] được ghi nhận khi đã đóng vai trò quan trọng trong việc giữ gìn nguyên vẹn hiện trạng của di tích lịch sử tháp nước Hàng Đậu trong một thời gian dài.[3] Trước đó, ông Ngô Quỳnh Dũng, trưởng phòng Hành chính quản trị của công ty, đã dành thời gian để sưu tầm tư liệu và hiện vật về nhà máy nước Yên Phụ cũng như nguồn gốc của tháp nước và sau đó đề xuất phương án bảo tồn tháp Hàng Đậu thành bảo tàng về ngành nước của Hà Nội trước dịp đại lễ, tuy nhiên điều này vẫn chưa nhận được sự đồng ý sau khi sự kiện đã kết thúc.[1][3]

Vào tháng 4 năm 2010, nhân dịp Đại lễ 1000 năm Thăng Long – Hà Nội, Uỷ ban nhân dân thành phố Hà Nội đã tiến hành đợt cải tạo lại tòa tháp với số tiền lên đến 3 tỷ đồng và thu hút sự chú ý của dân chúng. Dù ban đầu kế hoạch của đợt cải tạo chỉ là lắp đèn hắt chiếu sáng ở mặt đất, tuy nhiên sau đó các công việc khác bao gồm bóc đi lớp vữa cũ và trát mới, lợp lại mái tôn, đục bỏ các lớp gạch hỏng và thay vỉa hè... đã được thêm vào.[1][12] Tháp nước còn được lắp đặt thêm trạm điện và hệ thống chiếu sáng. Điều này sau đó đã gây ra tranh cãi vì cho rằng việc cải tạo này không những không có ích mà còn phá hỏng cả di tích. Một số ý kiến trái chiều đã nổi lên khi tấm pano giới thiệu dự án có ghi rõ sẽ sơn lại phần xung quanh tòa tháp bằng màu sơn xanh và trắng, tuy nhiên thông tin này sau đó nhanh chóng bị phủ nhận và đính chính.[12]

Cũng trong ba năm từ năm 2015 đến 2017, tòa tháp đã được thắp sáng bởi hệ thống đèn chiếu đổi màu do công ty Philips tài trợ lắp đặt[13] nhằm kỷ niệm những ngày lễ lớn của hai nước Việt Nam và Hà Lan cũng như thể hiện quan hệ đối tác giữa hai quốc gia.[14][15][16]